Manche Netzwerkanalyseprogramme erlauben keine direkte Angabe aller Bauelemente (z.B. keine Leitwerte, keine Spannungsquellen). Diese Restriktionen sind in der Regel unnötig.
Eine wichtige topologische Restriktion ist die Begrenzung der Größe des zu behandelnden Netzwerkes. Es kann die Anzahl der Knoten oder die Anzahl der Bauteile, eventuell nach Bauteiltyp aufgeteilt, beschränkt werden. Bei Teilschaltungen kann die Schachtelungstiefe limitiert sein. Manche Netzwerkanalyseprogramme haben fixe Werte für die topologischen Grenzen. Moderne Netzwerkanalyseprogramme arbeiten jedoch mit dynamischer Speicherverwaltung und eventuell mit virtuellem Speicher. Es sind daher keine fixen Grenzen notwendig, sondern der maximal zur Verfügung stehende (virtuelle) Speicher bestimmt die maximale Größe des Netzwerkes. Bei virtuellen Systemen ist zu beachten, daß die Rechenzeit sehr stark ansteigen kann, wenn das Netzwerk nicht mehr im Hauptspeicher analysiert werden kann.
Aus elektrischen Gründen sind Spannungsquellenschleifen und Stromquellenknoten (ein Knoten, in den nur Stromquellen enden) nicht möglich.