Im Initialisierungsteil von MINIMOS-NT wird die Bauelementstruktur anhand der Geometrie segmentweise analysiert. Entsprechend der Materialspezifikation für ein Segment werden die notwendigen Modelle initialisiert und in die Modelliste eingetragen. Zusätzlich zur Materialspezifikation können weitere Parameter für ein Segment angegeben werden, die die Auswahl bestimmter Modelle bewirken. Wenn z.B. für ein Segment die Berechnung der Elektronentemperatur verlangt wird, werden die Modelle zur Berechnung des Energietransports für die Elektronen initialisiert. Auf diese Weise kann genau bestimmt werden, welche Modelle zu verwenden sind.
Wesentlicher Teil der Initialisierung eines Modells ist die Initialisierung der benötigten Variablen. Die Variablen sind in eigenen Datenstrukturen, den Quantitäten, gespeichert und müssen für jedes Modell initialisiert und in die Quantitätenliste eingetragen werden. Quantitäten verwalten Informationen über die Anzahl und die Art der verwendeten Variablen (s. Abschnitt 2.5).
Mit der in der Initialisierung automatischen Auswahl der Modelle für ein Simulationsproblem wird die Möglichkeit geschaffen, die Modelle in einem separaten Modul zu verwalten. Damit können Modelle in einer eigenen Modellbibliothek verwaltet und auch für andere Simulationsprogramme zur Verfügung gestellt werden.