Die Anwendung des Ray-Trace-Algorithmus für die dreidimensionale Simulation bringt im Gegensatz zum String-Algorithmus keine zusätzlichen Schwierigkeiten mit sich. Der Algorithmus bleibt mit der Einführung einer zusätzlichen räumlichen Dimension nahezu unverändert, da das vorgestellte Modell zur Beschreibung der Trajektorien auch für die dreidimensionale Simulation Gültigkeit besitzt. Allerdings bleiben auch die Schwächen des Algorithmus in der dreidimensionalen Simulation nach wie vor bestehen. Der Algorithmus beschreibt keine vollständige Lösung des Topographieproblems, da nach der Simulation nur eine Punktverteilung als Ergebnis vorliegt. Die Rekonstruktion der Geometrie aus der vorhandenen Punktverteilung gestaltet sich jedoch in den meisten Fällen schwierig, vor allem wenn sich einzelne Trajektorien während der Simulation überkreuzt haben. Während der Simulation werden bestimmte Bereiche der Geometrie nur von sehr wenigen oder von gar keinen Trajektorien erreicht, wodurch die aktuelle Oberfläche der Geometrie oft nur unzureichend beschrieben wird.