Die vom PIF vorgegebene Struktur wurde für alle PIF-Objekte beibehalten (in PIF ist alles ein Objekt, was einen eigenen Namen hat, [10, Regel 2,]). Daher wurden alle Attribute in ihrer aufwendigen Gruppierung und Schachtelung äquivalent übernommen. Es wurde also keine Rücksicht auf semantische Überlegungen genommen, wie z.B. die Segmentstruktur mit einem spezieller Zeiger auf das SegmentDescription-Attribut zu erweitern oder die Materialbezeichnung direkt abzuspeichern. Da aber zu allen PIF-Referenzen die Umkehrungen bekannt sind, ist das Finden derartiger Information in vielen Fällen wesentlich erleichtert.
Der Grund für diese nicht anwendungsorientierte Implementierung ist, daß das PIF syntaktisch abgebildet werden soll; damit kann CLS auch semantisch abweichende, also nicht Waferstate-konforme, Daten bearbeiten, wie z.B. Layout-Spezifikationen. Dies ist mit anderen Schnittstellen, die speziell für die Waferstate-Semantik entwickelt wurden, unter Umständen nicht möglich. Zum Beispiel kann die G2S-Bibliothek keine PIF-Layout-Daten schreiben, da übereinanderliegende Flächen einander sofort abschneiden würden.
Allerdings gibt es zwei Fällen, in denen die PIF-Struktur nicht angenommen wird, sondern beim Laden automatisch eine vereinfachende Umformung stattfindet, die beim späteren Abspeichern wirksam bleibt: