Mit den Formeln in Abschnitt 2.2 - 2.5 sind alle relevanten Parameter bestimmt, die zur Berechnung einer Ionenbahn notwendig sind. Diese physikalischen Überlegungen sind natürlich für den ein-, zwei- und auch für den dreidimensionalen Fall allgemein gültig. In den folgenden Kapiteln soll nun noch näher auf Probleme eingegangen werden, die im nur dreidimensionalen Fall auftreten beziehungsweise nur dort eine Rolle spielen. Insbesondere ist eine händische Gitterdefinition im dreidimensionalen Fall nicht mehr möglich (siehe Kapitel 4). Außerdem werden bei dreidimensionalen Berechnungen die Geometrieabfragen zum zeitkritischen Problem. Auf eine Lösungsmöglichkeit, die den Zeitaufwand für die dreidimensionalen Geometrieabfragen auf den Zeitaufwand für Geometrieabfragen im zweidimensionalen Raum reduziert, wird in Kapitel 5 näher eingegangen.